Génome du figuier — état de l’art

Le génome de référence Mori 2017

[ÉTABLI] Mori K. et al. (2017) publient le premier génome haplotype-phased complet de Ficus carica. Premiere phase de séquençage d’un Moraceae cultivé majeur.

Caractéristiques génomiques

[ÉTABLI] - Taille génome : ~333 Mb (méga-bases)

Nombre chromosomique : 2n = 26 (13 paires)
Polyploïdie : diploïde (vs Ficus carica spp. afghanistanica plus complexe)
Gènes prédits : ~37 000

Innovation méthodologique

[ÉTABLI] Haplotype-phased = les deux copies de chaque chromosome (héritées du père et de la mère) sont séquencées séparément, révélant hétérozygotie importante chez Ficus carica. Information précieuse pour comprendre la diversité cultivée.

Apports scientifiques majeurs depuis Mori 2017

Détermination du sexe

[ÉTABLI] Caprifiguier (mâle) vs figuier femelle = système génétique complexe. Identification du gène orthologue RAN1 associé à la détermination sexuelle (Mori et collègues 2017+, paper FPS) — ouvre la voie à la sélection précoce de jeunes plants.

Marquage épigénétique

[ÉTABLI] Le génome haplotype-phased révèle des patterns méthylation ADN différentiels entre haplotypes — base d’études épigénétiques sur stabilité variétale.

Comparaison interspécifique

[ÉTABLI] Comparaison génome F. carica vs autres Ficus (F. religiosa, F. benghalensis) ouvre l’évolution du genre — coévolution avec pollinisateurs spécifiques.

Recherche actuelle

[ÉTABLI] Plusieurs équipes travaillent sur :

Pan-genome Ficus carica (intégration variants multiples cultivars)
Gènes biosynthèse polyphénols (bHLH, MYB) — identifiés
Gènes parthénocarpie (clé pour comprendre Common vs Smyrna types)
Gènes résistance FMV — recherche encore exploratoire

Implications pour Figgipedia

[ÉTABLI] La génomique transforme :

Synonymies : résolution définitive (génotypage SNP/WGS)
Sélection : breeding moderne s’appuie sur marqueurs liés à traits désirés
Origines géographiques : phylogéographie révèle routes de diffusion historique

[INCERTAIN] À court terme (2026-2030) : génotypage abordable suffisamment large pour ré-organiser une partie du vault Figgipedia avec certitudes 3A pyramide.

Voir aussi

Sources

Mori K. et al. (2017). Epigenetic patterns within the haplotype phased fig (Ficus carica L.) genome. Plant Journal.
RAN1 ortholog paper 2017 — détermination sexuelle.
Pang-genomique research updates 2020-2024.