SNP et diversité génétique du figuier

Définition

[ÉTABLI] Les SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) sont des variations d’un seul nucléotide dans l’ADN entre individus. Avec le séquençage de nouvelle génération (NGS), les SNP sont devenus le marqueur moléculaire dominant pour génotypage à haut débit.

Avantages vs SSR

[ÉTABLI] - Résolution supérieure : potentiellement millions de SNP par génome

Coût décroissant : ~50-200 € par accession via génotypage par séquençage (GBS)
Automatisable : pipelines bioinformatiques standardisés
Possibilité études phénotypiques : association SNP × traits agronomiques (GWAS)

SNP sur Ficus carica

[ÉTABLI] Quelques études récentes (2017-2024) ont produit des panels SNP fig :

Mori et al. (2017) : génome haplotype-phased complet → base SNP de référence
Usai et al. (2020) : panel SNP pour caractérisation collection italienne
Études chinoises : pangenomic en cours

Applications

Identification variétale haute résolution

[ÉTABLI] Distinction de cultivars très proches difficile à résoudre en SSR (ex. différents strains de Black Madeira, lignées Hardy Chicago).

Études phylogénétiques

[ÉTABLI] Reconstruction histoire évolutive et géographique de la domestication du figuier.

Sélection assistée par marqueurs (SAM)

[ÉTABLI] Identification gènes candidats pour traits agronomiques (rusticité, taille fruit, résistance maladies) → futur outil breeding.

État actuel pour les cultivars Figgipedia

[ÉTABLI] Peu de SNP publiés sur la majorité des variétés du vault Figgipedia (sauf les majeures commerciales : Brown Turkey, Mission, Calimyrna, Dottato).

[ÉTABLI] Recommandation Figgipedia : champ profil_ssr: false par défaut + references_genetiques: [] à remplir si données publiées disponibles.

Voir aussi

Sources

Mori et al. (2017). Epigenetic patterns within the haplotype phased fig genome.
Usai et al. (2020) — panel SNP italien.
Multiple Frontiers in Plant Science 2020-2024.