Marqueurs SSR (microsatellites) du figuier

Définition

[ÉTABLI] Les SSR (Simple Sequence Repeats) ou microsatellites sont des séquences d’ADN courtes (1 à 6 nucléotides) répétées en tandem, hautement polymorphes entre individus d’une même espèce.

[ÉTABLI] Outil de discrimination génétique de référence pour :

Identifier les cultivars
Résoudre les synonymies (confirmer ou infirmer que deux noms = même génotype)
Documenter la diversité génétique des collections

SSR développés sur Ficus carica

[ÉTABLI] Premiers loci SSR fig développés début années 2000 :

Khadari et al. (INRAE Montpellier) — équipe pionnière, marqueurs MFC1-MFC9 et MFCN1-MFCN20
Achtak et al. (2009) — étude diversité génétique figuiers marocains
Caliskan, Aksoy — équipes turques
Mori et al. (2017) — refonte complète avec génome haplotype-phased

Apports majeurs

Résolution synonymies

[ÉTABLI] Études SSR ont clarifié :

Brown Turkey Californien = San Piero (Italie) — synonymie confirmée
Hardy Chicago = Bensonhurst Purple = Malta Black = Sicilian Dark (et 100+ autres) = même génotype
Confirmation de variétés régionales distinctes (Bourjassotte Noire ≠ Brown Turkey)

Cartographie diversité méditerranéenne

[ÉTABLI] - Études montrent 3 groupes génétiques majeurs : Méditerranée Ouest, Est, et Caprifig sauvages

Forte introgression entre variétés cultivées par hybridation millénaire

Pyramide des certitudes Figgipedia (rappel)

[ÉTABLI] Niveau 3A réservé aux synonymies confirmées par SSR/SNP publié. Niveau 3B = consensus monographique sans SSR. Niveaux 1-2 = pas de fusion possible sans validation expert.

Limitations

[ÉTABLI] - SSR ne capturent que des sites neutres — ne révèlent pas adaptations phénotypiques (Brix, rusticité)

Coût et expertise requise → peu de variétés “exotiques collector” ont SSR publié
Variation intra-cultivar (mutations somatiques) parfois mal résolue par SSR

Pour aller plus loin

[ÉTABLI] SNP (single nucleotide polymorphisms) = nouvelle génération de marqueurs, résolution plus fine, mais coût moindre depuis NGS — voir SNP du figuier.

Voir aussi

Sources

Khadari et al. (INRAE) — multiple papers SSR fig.
Achtak et al. (2009). SSR analysis of Moroccan fig.
Caliskan & Aksoy — papers diversité turque.
Mori et al. (2017). Epigenetic patterns within the haplotype phased fig genome.