Programmes de breeding modernes du figuier

En bref. Les programmes formels de breeding du figuier sont peu nombreux dans le monde : six équipes publient régulièrement — LSU AgCenter (USA, le plus actif depuis 1950, ~10 cultivars publiés), Texas A&M (Alma 1975, hybride × F. palmata), CREA-OFA Caserta (Italie), TAGEM Erbeyli (Turquie, Sari Lop industriel), NARO (Japon, F. erecta contre Ceratocystis) et INRAE-CIRAD (France, génétique moléculaire). Les approches modernes combinent la sélection assistée par marqueurs SSR/SNP, l’identification précoce du sexe via FcRAN1/FcAG, l’hybridation interspécifique pour la résistance (F. erecta, F. palmata) et — encore expérimentale — l’édition génétique CRISPR. Le cycle classique de breeding (croisement → semis → fructification → évaluation → publication) prend 7-12 ans ; les marqueurs moléculaires le réduisent à 3-5 ans.

1. Cadrage — pourquoi peu de programmes de breeding du figuier ?

[ÉTABLI] Quatre raisons structurelles expliquent le faible nombre de programmes de breeding formels :

Multiplication clonale facile : le bouturage fixe instantanément n’importe quelle mutation somatique remarquable. Beaucoup de variétés historiques sont issues de sélection clonale (mutation de bourgeon repérée par un cultivateur attentif) plutôt que de croisement formel.
Caprification exigeante : le croisement formel nécessite la pollinisation contrôlée via Blastophaga psenes (cf. fiche Coévolution figuier-Blastophaga). Cette contrainte logistique limite les programmes aux institutions disposant d’une caprifiguière dédiée.
Marché de niche : le figuier reste un fruit secondaire en volumes mondiaux (~1,3 Mt/an, FAO 2022) par rapport à la pomme (~95 Mt) ou la banane (~120 Mt). Les budgets de R&D suivent.
Cycle long : 7-12 ans de la graine au premier verdict pomologique solide, par opposition aux 2-4 ans des annuelles modèles.

2. Programmes actifs — six équipes publiantes

2.1 LSU AgCenter (Louisiana State University) — programme historique le plus prolifique

[ÉTABLI] Le programme breeding du LSU AgCenter est le programme fig le plus actif au monde depuis ~1950, démarré sous la direction du Pr Ed O’Rourke. Après une période dormante, il a été relancé dans les années 1990 sous la direction de Charles E. Johnson.

Climat cible : Sud-Est des États-Unis, subtropical humide (pluies estivales fréquentes). Critères de sélection majeurs :

Œil fermé (closed eye) → résistance aux pluies à maturation (limite endosepsis et souring).
Rusticité hivernale modérée (zones USDA 7-9).
Productivité et régularité de fructification.
Qualité gustative (sucres, arômes, texture).
Résistance aux maladies foliaires dans climat humide.

Cultivars publiés : LSU Purple (1991), LSU Gold (1995, publication HortScience 2005), Tiger (2007, striped jaune-vert), Champagne (2007, intérieur or-caramel), O’Rourke (2007, publication HortScience 2010), Scott’s Black (~2015), LSU Improved Celeste, et d’autres en évaluation.

2.2 Texas A&M AgriLife

[ÉTABLI] Programme historique :

Alma (1975) — croisement femelle Vernino (100 % F. carica) × mâle Hamma Caprifig (50 % F. palmata), donnant un cultivar à 25 % F. palmata. Œil très fermé, excellente performance en climat chaud et humide du Sud-Est USA.
Adaptation aux climats chauds-secs du Texas (variétés sélectionnées en station Stephenville, Wintergarden).
Recherche continue sur tolérance à la sécheresse et à la chaleur estivale (relier les programmes Texas avec les études écophysiologiques tunisiennes et marocaines récentes — Ammar 2019, 2022 ; Elmeknassia 2025, cf. fiche Physiologie du stress hydrique).

2.3 CREA-OFA Caserta (Italie, ex CRA-FRC)

[ÉTABLI] Le Centro di Ricerca per l’Olivicoltura, Frutticoltura e Agrumicoltura — Caserta porte le programme italien :

Caractérisation moléculaire de la collection italienne (équipe Mascagni / Giordani / Usai à Pise et Florence, productrice des assemblages Dottato 2020 et 2025).
Programmes de sélection variétale dans les Pouilles, Calabre, Sicile.
Publications sur le germplasme des Pouilles (caractérisation SSR multiples accessions historiques régionales).

2.4 TAGEM Erbeyli (Turquie)

[ÉTABLI] La station de recherche d’Erbeyli (Aydin, Turquie) du ministère turc de l’Agriculture (TAGEM) est l’institution de référence mondiale pour la filière figue sèche industrielle :

Focus sur Sari Lop (Smyrne) — base de l’industrie turque (>60 % de la production mondiale de figues sèches).
Recherche poussée sur la caprification (optimisation des ratios caprifiguier/figuier de production, sélection de caprifigueras).
Programmes d’amélioration du calibre et de la tenue au séchage (aptitude aux longs cycles solaires, résistance aux moisissures de séchage).

2.5 NARO (Japon)

[ÉTABLI] L’Institut national de la recherche agronomique et alimentaire (NARO) porte deux axes majeurs :

Porte-greffes résistants à Ceratocystis ficicola : programme historique d’hybridation interspécifique avec Ficus erecta (espèce sauvage japonaise) qui porte une résistance native. Aboutissement : Reikodai 1 go (~2020), enregistré comme porte-greffe résistant. Shirasawa et al. (2020) publient l’assemblage du génome de F. erecta, qui accélère le breeding par marqueurs.
Sélection variétale Masui Dauphine optimisée et autres cultivars japonais (recherche de chair sucrée style Toyomitsuhime, calibres premium).

2.6 INRAE-CIRAD France

[ÉTABLI] La recherche française se concentre sur :

Conservation et caractérisation moléculaire des collections (Sophia Antipolis, Bordeaux Cestas).
Génétique moléculaire : équipe Bouhadida / Khadari / Roger au CIRAD-INRAE Montpellier, autrice de plusieurs études fondatrices sur le germplasme méditerranéen (SSR, structure de la diversité, authentification AOP).
Pas de programme actif de création variétale au moment de la rédaction : la focale est plutôt sur la caractérisation des cultivars existants et la conservation patrimoniale.

3. Approches modernes — au-delà du croisement classique

3.1 Sélection assistée par marqueurs (SAM)

[ÉTABLI] La SAM consiste à utiliser des marqueurs moléculaires (SSR microsatellites, SNP nucléaires) liés à des traits désirés pour pré-sélectionner les jeunes semis avant la première fructification. Elle réduit le cycle de breeding de 7-12 ans à 3-5 ans.

Marqueurs opérationnels chez le figuier :

Détermination précoce du sexe : marqueurs FcRAN1 (Mori 2017) puis FcAG plus efficace (Mori 2021), avec déséquilibre de liaison redéfini par Ikegami 2024. Identification mâle/femelle dès la plantule.
Résistance Ceratocystis : marqueur dérivé de l’assemblage F. erecta (Shirasawa 2020), opérationnel pour le programme NARO.

3.2 Hybridation interspécifique

[ÉTABLI] Deux lignées historiques opérationnelles :

F. carica × F. palmata → cultivars commerciaux : Alma (1975) et la lignée “Palmata Hybrid” diffusée par certaines pépinières spécialisées.
F. carica × F. erecta → résistance Ceratocystis transférée par rétro-croisements multi-générationnels. Aboutissement Reikodai 1 go au Japon.

[PROBABLE] Une troisième lignée potentielle vers F. johannis ou F. pseudocarica (proches voisines de F. carica dans le sous-genre Ficus) reste à explorer pour la rusticité ou la résistance au gel.

3.3 Induction de parthénocarpie

[ÉTABLI] Cui et al. (2018, BMC Plant Biology) ont démontré qu’une application de GA₃ à l’anthèse sur la main crop des figuiers San Pedro déclenche une parthénocarpie inductible. Les gènes-clés (régulation négative GA2ox, BAS1, NCED, ACO ; régulation positive ABA 8’-hydroxylase, AUX/IAA) sont des cibles potentielles pour un breeding moléculaire de la parthénocarpie persistante chez les types Smyrne et San Pedro — ce qui les libérerait de la dépendance à la caprification (cf. fiche Hormones végétales).

3.4 Édition génétique (CRISPR)

[INCERTAIN] Au moment de la rédaction (mai 2026), aucun cultivar de figuier issu de l’édition CRISPR n’a été publié. La recherche pré-clinique cible cependant :

Désactivation de gènes de sensibilité au FMV (eIF4E orthologues, eIF iso4E).
Modification ciblée des gènes de parthénocarpie identifiés par Cui 2018 et Sharif 2022.
Édition pour tolérance Ceratocystis sur fond F. carica (alternative à l’introgression F. erecta).

Le cadre réglementaire européen sur le NBT (New Breeding Techniques) reste un facteur limitant majeur pour la diffusion en Europe.

3.5 Pan-génomique et phénotypage à haut débit

[ÉTABLI] L’assemblage de plusieurs génomes chromosome-level publiés entre 2017 et 2025 (Mori 2017, Usai 2020 et 2025, Bao 2023, Plant Communications 2025) ouvre la voie à une lecture moléculaire de la diversité variétale et à l’identification de traits cibles (anthocyanes via FcANS/FcCHS10, psoralène via FcMS, tolérance hydrique via FcJA2). Cf. fiche Pan-génomique de Ficus carica pour le détail.

4. Cycle de breeding type chez le figuier

[ÉTABLI] Le cycle classique sans marqueurs :

Étape	Durée	Méthode
Croisement contrôlé (caprification)	~3 mois	Saison estivale, parents pré-sélectionnés
Germination et croissance juvénile	1-2 ans	Serre + transition pleine terre
Première fructification	3-5 ans	Évaluation visuelle préliminaire
Stabilisation et évaluation pomologique	5-8 ans	Multi-environnements, calibre, sucres
Tests réplicas régionaux	7-10 ans	Multi-stations, multi-saisons
Publication + enregistrement variétal	10-12 ans	HortScience, ASHS, organismes nationaux

[ÉTABLI] Avec la SAM précoce (sexe + résistance Ceratocystis + marqueurs parthénocarpie), le cycle peut être ramené à 3-5 ans pour la pré-sélection sur les caractères ciblés, 7-9 ans pour la publication formelle.

5. Études fondatrices de génétique des progénies

[ÉTABLI] Une étude récente (Gender Identification, Phenotypic Variation, and Heritability in F1 Fig Progenies Derived from a Controlled Cross, Tropical Plant Biology 2025, DOI 10.1007/s12042-025-09449-6) caractérise la structure d’héritabilité des principaux traits agronomiques (calibre, couleur de pulpe, ouverture de l’œil, vigueur, précocité) dans une descendance F1 contrôlée. Résultats utiles à toute équipe lançant un programme breeding :

L’héritabilité au sens large est forte pour la couleur de pulpe et l’ouverture de l’œil (potentiel de gain rapide par sélection).
Elle est plus faible pour la précocité de récolte (forte interaction génotype × environnement).

6. Perspectives 2026-2030

[PROBABLE] Trois jalons attendus :

Premiers cultivars CRISPR FMV-résistants publiés (probable Japon ou USA hors UE).
Cultivar méditerranéen issu de croisement F. carica × F. johannis pour rusticité au gel.
Pan-génome consensus opérationnel comme support de SAM multi-traits (résistance + précocité + parthénocarpie).

Voir aussi

Sources

Mori K., Shirasawa K., Nogata H. et al. (2017) — Identification of RAN1 orthologue associated with sex determination through whole genome sequencing analysis in fig (Ficus carica L.). Scientific Reports 7:41124. DOI : 10.1038/srep41124
Shirasawa K., Yakushiji H., Nishimura R., Morita T., Jikumaru S., Ikegami H., Toyoda A., Hirakawa H., Isobe S. (2020) — The Ficus erecta genome aids Ceratocystis canker resistance breeding in common fig (F. carica). The Plant Journal 102(6):1196-1207. DOI : 10.1111/tpj.14703
Johnson C.E., O’Rourke E., Boudreaux J.E. (2010) — ‘O’Rourke’ fig. HortScience 45(5):826-828. DOI : 10.21273/HORTSCI.45.5.826
O’Rourke E., Johnson C.E., Boudreaux J.E. (2005) — ‘LSU Gold’ fig. HortScience 40(2):486-487. (Publication ASHS officielle de la variété ; rapporter le DOI exact via journals.ashs.org si nécessaire.)
Cui Y., Wang Z., Chen S. et al. (2018) — Transcriptome analysis unravels spatiotemporal modulation of phytohormone-pathway expression underlying gibberellin-induced parthenocarpic fruit set in San Pedro-type fig (Ficus carica L.). BMC Plant Biology 18:106. DOI : 10.1186/s12870-018-1318-1
Mori K. et al. (2021) — AGAMOUS gene as a new sex-identification marker in fig (Ficus carica L.) is more efficient than RAN1. Frontiers in Plant Science 12:755358. DOI : 10.3389/fpls.2021.755358
Ikegami H. et al. (2024) — Genome-wide association studies using chromosome-scale genomes of male and female lines redefines two sex-linked loci in linkage disequilibrium in Ficus carica L. Scientia Horticulturae. Référence ScienceDirect : S0304423824005818
Bao Y., He M., Zhang C. et al. (2023) — Advancing understanding of Ficus carica: a comprehensive genomic analysis reveals evolutionary patterns and metabolic pathway insights. Frontiers in Plant Science 14:1298417. DOI : 10.3389/fpls.2023.1298417
(2025) — Gender identification, phenotypic variation, and heritability in F1 fig (Ficus carica L.) progenies derived from a controlled cross. Tropical Plant Biology. DOI : 10.1007/s12042-025-09449-6