Pan-génomique de Ficus carica

Définition

[ÉTABLI] Pan-génome = ensemble exhaustif des gènes présents dans tous les individus d’une même espèce. Inclut :

Core genome : gènes présents chez tous les individus
Accessory genome : gènes présents seulement chez certains
Unique genes : gènes rares ou propres à quelques individus

[ÉTABLI] Approche révolutionnaire en génomique post-2015 — révèle que la diversité génétique intra-espèce est bien plus grande que ce qu’un seul génome de référence laisse penser.

Pourquoi pour le figuier

[ÉTABLI] - Hétérozygotie élevée chez F. carica (Mori 2017)

Domestication ancienne + multiplication végétative = lignées clonales très divergentes
Synonymies massives (Brown Turkey/San Piero, Hardy Chicago avec 100+ noms) à explorer génomiquement
Adaptations locales (rusticité, rain-resistance) à élucider

État de la recherche (2024)

[ÉTABLI] - Mori 2017 : génome haplotype-phased de référence (premier)

Plusieurs équipes travaillent sur pangenomique :
- Italie (CRA-FRC + Universités)
- Chine (NGS programs)
- Tunisie/Maroc (collaborations méditerranéennes)
Pas de pangenome consensus publié à ce jour
2025-2030 : publication attendue d’un pangenome de référence

Applications futures

[ÉTABLI] - Résolution synonymies définitive : niveau 3A pyramide certitudes pour tous cultivars majeurs

Identification gènes de résistance : FMV, Ceratocystis, rouille
Identification gènes parthénocarpie : breeding Smyrne → Commun envisageable
Caractérisation adaptations climatiques : froid, sécheresse, humidité
Marqueurs SNP haute résolution pour breeding assisté

Limites actuelles

[ÉTABLI] - Coût : séquençage de centaines d’accessions encore élevé

Bioinformatique : pipelines pangenome encore en maturation
Annotation fonctionnelle : gènes prédits sans fonction expérimentalement caractérisée

Importance pour Figgipedia

[ÉTABLI] À moyen terme (2026-2030) : émergence d’un pangenome de référence permettra de :

Confirmer ou infirmer définitivement les synonymies du vault (passage massif au niveau 3A)
Identifier des cultivars uniques non encore décrits
Documenter génétiquement les variétés Maghreb, Balkans, Caucase peu étudiées