Kazuki Mori (Japon) — génome du figuier et détermination sexuelle FcRAN1/FcAG

En bref. Kazuki Mori est le premier auteur du paper fondateur Mori K., Shirasawa K., Nogata H., Hirata C., Tashiro K., Habu T., Kim S., Himeno S., Kuhara S., Ikegami H. (2017) — Identification of RAN1 orthologue associated with sex determination through whole genome sequencing analysis in fig (Ficus carica L.) publié dans Scientific Reports 7:41124 (DOI 10.1038/srep41124). C’est la première séquence génome de référence publiée pour Ficus carica, réalisée sur le cultivar japonais ‘Horaishi’, ~356 Mb, ~13 chromosomes. Ce travail identifie FcRAN1 comme orthologue candidat pour la détermination sexuelle (caprifiguier vs figuier femelle), résolvant un mystère pomologique séculaire. L’équipe japonaise Mori-Shirasawa-Ikegami appartient au réseau NARO (National Agriculture and Food Research Organization) et à l’Université Kyushu, avec Hidetoshi Ikegami au Fukuoka Agriculture and Forestry Research Center Buzen Branch. Le même groupe publie en 2021 que le gène FcAG (AGAMOUS) est un marqueur diagnostique encore plus efficace que FcRAN1 (Frontiers in Plant Science 12:755358). Travaux poursuivis par Ikegami et al. 2024 (Scientia Horticulturae) sur les loci sexués en déséquilibre de liaison entre FcRAN1 et FcAG. Note : la fiche d’origine mentionnait à tort « Shuji Mori » — l’auteur correct est Kazuki Mori.

1. Correction nominale importante

[ÉTABLI] Le slug de cette fiche est shuji-mori (héritage historique) mais l’auteur correct du paper fondateur 2017 est Kazuki Mori, et non « Shuji Mori » comme indiqué dans la fiche d’origine. La référence bibliographique exacte est :

Mori K., Shirasawa K., Nogata H., Hirata C., Tashiro K., Habu T., Kim S., Himeno S., Kuhara S., Ikegami H. (2017) — Identification of RAN1 orthologue associated with sex determination through whole genome sequencing analysis in fig (Ficus carica L.). Scientific Reports 7:41124. DOI : 10.1038/srep41124. PMC : PMC5264649. Corrigendum : DOI 10.1038/srep46784 (PMC5424537).

2. Équipe et affiliations

[ÉTABLI] Le paper fondateur 2017 a été co-signé par une équipe japonaise structurée :

Auteur	Affiliation
Kazuki Mori (premier auteur)	Faculty of Agriculture, Kyushu University, Fukuoka
Kenta Shirasawa	Kazusa DNA Research Institute, Chiba
Hitoshi Nogata	Fukuoka Agriculture and Forestry Research Center
Chiharu Hirata	Kyushu University
Kosuke Tashiro	Kyushu University
Tsuyoshi Habu	Kyushu University
Sangwan Kim	Kyushu University
Shuichi Himeno	Kyushu University
Satoru Kuhara	Kyushu University
Hidetoshi Ikegami (dernier auteur, senior)	Fukuoka Agriculture and Forestry Research Center, Buzen Branch (Yukuhashi, Fukuoka)

[ÉTABLI] Le groupe Ikegami est rattaché au réseau NARO (National Agriculture and Food Research Organization) du Japon, l’équivalent japonais de l’INRAE français. Les Buzen Branch et Kyushu Univ. sont les centres de référence pour la recherche figuière au Japon.

3. Le paper Mori 2017 — première séquence génome F. carica

[ÉTABLI] Caractéristiques du travail :

Première séquence génome complète publiée pour Ficus carica.
Cultivar séquencé : Horaishi (variété japonaise femelle).
Taille du génome assemblé : ~356 Mb, organisé en 13 chromosomes (2n = 26).
Hétérozygotie : qualifiée de faible à moyenne par les auteurs sur Horaishi (à comparer avec Dottato qualifié d’élevé dans les travaux ultérieurs Usai 2020).
Méthode : whole genome sequencing (Illumina) avec assemblage de novo, complété par RAD-Seq analysis sur populations F1 dérivées de croisements Horaishi × Caprifig6085.

[ÉTABLI] Résultat majeur : identification de FcRAN1 comme orthologue candidat pour la détermination sexuelle (caprifig vs figuier femelle), avec localisation chromosomique précise du locus sexué.

4. Continuation de l’œuvre — FcAG (2021) et FcRAN1+FcAG (2024)

[ÉTABLI] Le même groupe (Mori K., Ikegami H.) a poursuivi les travaux :

4.1 Mori et al. 2021 — FcAG plus efficace que FcRAN1

[ÉTABLI] Mori K. et al. (2021) — AGAMOUS gene as a new sex-identification marker in fig (Ficus carica L.) is more efficient than RAN1. Frontiers in Plant Science 12:755358. DOI : 10.3389/fpls.2021.755358.

Apport : démonstration que FcAG (orthologue AGAMOUS) est un marqueur diagnostique encore plus efficace que FcRAN1 pour identifier précocement les sujets mâles vs femelles dans les semis de breeding.

4.2 Ikegami et al. 2024 — loci sexués en déséquilibre de liaison

[ÉTABLI] Ikegami H. et al. (2024) — Genome-wide association studies using chromosome-scale genomes of male and female lines redefines two sex-linked loci in linkage disequilibrium in Ficus carica L. Scientia Horticulturae. Référence ScienceDirect : S0304423824005818.

Apport : redéfinition des deux loci sexués (FcRAN1 + FcAG) en fort déséquilibre de liaison sur les génomes mâle et femelle assemblés à l’échelle chromosomique. Confirmation d’une région non-recombinante propre au sexe — comme attendu pour un système gynodioïque stable depuis des millions d’années.

5. Apports scientifiques majeurs

[ÉTABLI] Le legacy scientifique de l’équipe Mori-Ikegami pour la pomologie figuière est triple :

Première séquence génome de référence : ouvre l’ère moléculaire de la recherche fig (après l’ère « pré-moléculaire » Condit-Storey).
Élucidation génétique du déterminisme sexuel : résolution moléculaire d’un mystère pomologique séculaire (pourquoi les caprifiguiers et les figuiers femelles sont génétiquement différents).
Outil opérationnel pour le breeding : les marqueurs FcRAN1 + FcAG permettent désormais l’identification précoce du sexe sur plantule (gain de 2-4 ans sur le cycle de breeding classique).

6. Réseau scientifique japonais associé

[ÉTABLI] L’écosystème de recherche figuier au Japon comprend :

NARO (National Agriculture and Food Research Organization) : tutelle institutionnelle.
Kyushu University, Faculty of Agriculture : recherche fondamentale.
Kazusa DNA Research Institute (Chiba) : séquençage haut-débit (Shirasawa).
Fukuoka Agriculture and Forestry Research Center, Buzen Branch : recherche appliquée (Ikegami).
Lignée connexe : programme NARO sur Ficus erecta (cf. fiche Région Aydın) — Shirasawa K. et al. (2020) publient le génome de F. erecta (DOI 10.1111/tpj.14703) pour faciliter le breeding par marqueurs de la résistance à Ceratocystis ficicola. Aboutissement : porte-greffe Reikodai 1 go (~2020).

7. Héritage et influence sur Figgipedia

[ÉTABLI] Les travaux Mori-Ikegami sont des sources canoniques pour Figgipedia :

Mori 2017 : référence majeure dans la fiche Pan-génomique de Ficus carica et la fiche Cytogénétique du figuier.
Mori 2021 : référence dans la fiche Programmes breeding modernes pour la sélection assistée par marqueurs (SAM).
Ikegami 2024 : référence pour la détermination sexuelle précoce.
Doctrine pyramide : les variétés référencées avec marqueur FcRAN1/FcAG accèdent au niveau 0 (preuve moléculaire validée).

Voir aussi

Sources

Mori K., Shirasawa K., Nogata H., Hirata C., Tashiro K., Habu T., Kim S., Himeno S., Kuhara S., Ikegami H. (2017) — Identification of RAN1 orthologue associated with sex determination through whole genome sequencing analysis in fig (Ficus carica L.). Scientific Reports 7:41124. DOI : 10.1038/srep41124
Mori K., Shirasawa K., Ikegami H. et al. (2017 Corrigendum) — Correction note. DOI : 10.1038/srep46784
Mori K. et al. (2021) — AGAMOUS gene as a new sex-identification marker in fig (Ficus carica L.) is more efficient than RAN1. Frontiers in Plant Science 12:755358. DOI : 10.3389/fpls.2021.755358
Ikegami H. et al. (2024) — Genome-wide association studies using chromosome-scale genomes of male and female lines redefines two sex-linked loci in linkage disequilibrium in Ficus carica L. Scientia Horticulturae. Référence ScienceDirect : S0304423824005818
Shirasawa K., Yakushiji H., Nishimura R., Morita T., Jikumaru S., Ikegami H., Toyoda A., Hirakawa H., Isobe S. (2020) — The Ficus erecta genome aids Ceratocystis canker resistance breeding in common fig (F. carica). The Plant Journal 102(6):1196-1207. DOI : 10.1111/tpj.14703
ResearchGate — Hidetoshi Ikegami. URL : www.researchgate.net/profile/Hidetoshi-Ikegami
Usai G., Mascagni F., Giordani T. et al. (2020) — Epigenetic patterns within the haplotype phased fig (Ficus carica L.) genome. The Plant Journal 102(3):600-614. DOI : 10.1111/tpj.14635 (référence parallèle italienne pour comparaison Horaishi vs Dottato)